1.蒸餾溫度低，分子蒸餾是在遠低于沸點的溫度下進行操作的，只要存在溫度差可以到達別離意圖，這是分子蒸餾與慣例蒸餾的本質區別。
　　2.蒸餾真空度高，分子蒸餾設備可以獲得很高的真空度，一般分子蒸餾在很低的壓強下進行操作，因而物料不易氧化受損。
　　3.蒸餾液膜薄，傳熱效率高。
　　4.物料受熱時間短，受加熱的液面與加冷凝面之間的間隔小于輕分子的平均自由程，所以由液面逸出的輕分子未經磕碰到達冷凝面。因而，蒸餾物料受熱時間短，在蒸餾溫度下停留時間一般幾秒至幾十秒之間，減少了物料熱分解的時機。
　　5.別離程度高，分子蒸餾能別離慣例不易分開的物質
　　6.分子蒸餾設備價格昂貴，分子蒸餾設備讓體系壓力到達的高真空度，對資料密封要求較高，且蒸發面和冷凝面之間的間隔要適中，設備加工難度大，造價高。
　　7.產品耗能小，由于分子蒸餾整個別離過熱丟失少，且由于分子蒸餾設備的結構方式，內部壓強低，內部阻力遠比慣例蒸餾小，因而可大大節約能耗。